จุดเริ่มต้นของระบบการเรียนแบบคุมองเกิดขึ้นเมื่อปี ค.ศ.1954 เมื่อคุณแม่ของ ด.ช.ทาเคชิ คุมอง ซึ่งตอนนั้นเรียนอยู่ชั้น ป.2 พบว่าผลสอบวิชาคณิตศาสตร์ของลูกชายไม่ดีเหมือนที่เคยเป็นมา คุณแม่จึงไปปรึกษาคุณพ่อว่าจะทำอย่างไรดี ซึ่งคุณพ่อก็คือ คุณโทรุ คุมอง ที่ในตอนนั้นเป็นครูสอนวิชาคณิตศาสตร์ระดับมัธยมปลาย หลังจากที่ได้รับฟังความกังวลของคุณแม่ คุณโทรุจึงเริ่มต้นออกแบบแบบฝึกหัดวิชาคณิตศาสตร์เพื่อให้ลูกชายได้ฝึกฝน
คุณโทรุ คุมอง เชื่อว่างานของนักการศึกษาคือการปลูกฝังนิสัยในการเรียนรู้ด้วยตนเองให้แก่เด็กๆ ดังนั้นเขาจึงได้พยายามลองผิดลองถูกอยู่หลายครั้งในตอนที่ออกแบบแบบฝึกหัดเพื่อช่วยให้ลูกชายสามารถทำแบบฝึกหัดในแต่ละวันได้โดยไม่ยากลำบากและมีการพัฒนาทักษะอย่างสม่ำเสมอ จากประสบการณ์ที่เป็นครูสอนคณิตศาสตร์ระดับมัธยมปลาย ทำให้คุณโทรุทราบว่านักเรียนมัธยมปลายมีปัญหาการเรียนคณิตศาสตร์เพราะมีทักษะการคำนวณไม่เพียงพอ ดังนั้นเขาจึงเน้นเรื่องการพัฒนาทักษะการคำนวณ รวมทั้งออกแบบแบบฝึกหัดเพื่อให้ทาเคชิสามารถทำได้ด้วยตนเอง ประสบการณ์ด้านการศึกษานี้เองที่ทำให้คุณโทรุทราบว่านักเรียนจะสามารถพัฒนาทักษะด้านวิชาการที่แท้จริงได้จากการเรียนก้าวหน้าด้วยตัวเองเท่านั้น
คุณโทรุ คุมอง ได้เขียนโจทย์การคำนวณลงในกระดาษให้ทาเคชิทำและแบบฝึกหัดที่เขาคิดค้นขึ้นมาในปี ค.ศ.1955 ก็กลายเป็นต้นแบบของแบบฝึกหัดคุมองที่ใช้ในปัจจุบัน ทาเคชิสามารถพัฒนาความสามารถไปได้อย่างรวดเร็วผ่านการฝึกฝนทำแบบฝึกหัดที่คุณพ่อออกแบบทุกวัน วันละครึ่งชั่วโมง ส่งผลให้ทาเคชิสามารถเรียนก้าวหน้าจนทำแบบฝึกหัดแคลคูลัสเชิงอนุพันธ์และอินทิกรัลได้ตอนจะขึ้นไปเรียนชั้น ป.6 จากความสำเร็จของคุณโทรุที่ช่วยพัฒนาความสามารถของทาเคชิ คุณโทรุ คุมอง ได้ชวนเด็กๆ ในละแวกนั้นให้มาเรียนที่บ้านและใช้วิธีการเดียวกันกับที่เขาสอนทาเคชิ ทำให้เด็กๆ เหล่านั้นได้รับการพัฒนาความสามารถด้านวิชาการเป็นอย่างมาก เมื่อเป็นเช่นนี้ คุณโทรุ คุมอง จึงหวังที่จะช่วยพัฒนาศักยภาพของเด็กจำนวนมากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ด้วยวิธีการเรียนแบบคุมอง ดังนั้นในปี ค.ศ.1958 เขาจึงตัดสินใจก่อตั้งสำนักงานในเมืองโอซาก้าและเปิดศูนย์คุมองเพื่อสอนคณิตศาสตร์เพิ่มขึ้น ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาจำนวนนักเรียนคุมองก็เพิ่มมากขึ้นอย่างต่อเนื่อง ด้วยเป้าหมายที่จะให้นักเรียนเรียนเนื้อหาระดับมัธยมปลายด้วยการเรียนรู้ด้วยตนเอง สิ่งที่คุณโทรุ คุมอง มุ่งหวังคือการพัฒนาความสามารถของนักเรียนให้ไปถึงจุดสูงสุดโดยช่วยให้พวกเขาแต่ละคนได้เรียนในระดับที่เหมาะสม
เด็กทุกคนต่างมีศักยภาพในการเติบโต ซึ่งการฝึกฝนการอ่าน การเขียน และการคำนวณจะช่วยทำให้นักเรียนมีความมั่นใจเพิ่มมากขึ้น ที่คุมองเราใช้การศึกษาในการพัฒนาความสามารถของเด็กๆ เพื่อช่วยให้พวกเขาประสบความสำเร็จได้ด้วยตนเองในอนาคต รวมทั้งทำให้ความฝันและเป้าหมายของพวกเขาเป็นความจริง จากจุดเริ่มต้นจากความรักของคุณพ่อท่านหนึ่งที่มีต่อลูกชาย ระบบการเรียนแบบคุมองไม่ได้ถูกจำกัดด้วยกำแพงของภาษา วัฒนธรรม หรือประวัติศาสตร์อีกต่อไป ในขณะที่ผู้คนจำนวนมากขึ้นตระหนักถึงประโยชน์ของระบบการเรียนแบบคุมอง จำนวนนักเรียนคุมองก็ยังคงเพิ่มมากขึ้นทั่วโลก